慈濟大學有三個校區，分別是：中央校區、介仁校區及建國校區。
◎中央校區
醫學院大學部：
醫學系、藥學系、醫學檢驗生物技術學系、物理治療學系、公共衛生學系、分子生物暨人類遺傳學系、醫學影像暨放射科學系、學士後中醫學系。
醫學院研究所：
醫學科學研究所博士班、轉譯醫學博士學位學程、醫學系藥理暨毒理學博士班、醫學系藥理暨毒理學碩士班、醫學系生物醫學碩士班、臨床藥學研究所碩士班、醫學檢驗生物技術學系碩士班、物理治療學系碩士班、公共衛生學系碩士班、學士後中醫學系碩士班、分子生物暨人類遺傳學系碩士班、醫學影像暨放射科學系碩士班、口腔醫學暨材料研究所碩士班。
工程科技學院大學部：
資訊工程學系、生物醫學暨工程學系。
工程科技學院研究所：
資訊工程學系碩士班、生物醫學暨工程學系碩士班、永續暨防災碩士學位學程。
◎介仁校區
智慧永續管理學院大學部：
經營管理學系、資訊科技與管理學系、醫務暨健康管理學系。
智慧永續管理學院研究所：
資訊科技與管理學系碩士班、醫務暨健康管理學系碩士班。
人文傳播暨社會科學院大學部：
社會工作學系、人類發展與心理學系、兒童發展與家庭教育學系、傳播學系、東方語文學系、外語暨新興科技應用學系、國際數位媒體科技學士學位學程。
人文傳播暨社會科學院研究所：
社會工作學系碩士班、人類發展與心理學系碩士班、傳播學系碩士班、東方語文學系碩士班
、教育研究所、宗教與人文研究所。
◎建國校區
護理學院：
專科部–
護理科、長期照護科。
大學部–
護理學系、學士後護理學系。
研究所–
護理學系碩士班、護理學系碩士在職專班、長期照護研究所。